Osada Wara powstała prawdopodobnie już w okresie rządów księcia Władysława Opolczyka na Rusi, tj. w latach siedemdziesiątych XIV wieku, a nazwa wsi pochodzi od starosłowiańskiego apelativum var(a), oznaczającego wodę. Pierwsza wzmianka o wsi pochodzi z 1391 roku. Właśnie21 lipca tego roku kasztelan lubelski Piotr Kmita nadał Sandkowi, sołtysowi, Polakowi z pochodzenia, przywilej na osadzenie istniejącej już wsi Wary nad potoczkiem o tej samej nazwie. Osada lokowana została na prawie niemieckim. Pierwsi osadnicy otrzymali od Piotra Kmity sześcioletnią wolniznę od płacenia podatków na polach uprawnych, zaś 20 lat na gruntach uzyskanych w wyniku karczunku i przeznaczonych pod uprawę.
W 1415 roku kasztelan lubelski odnowił swój poprzedni dokument z 1391 roku.
O powstaniu tej miejscowości mówi również legenda, spisana przez mieszkankę wsi Stanisławę Pękalównę, zamieszczoną w publikacji J.F. Adamskiego "Brzozów i okolice".
Do porośniętego tutaj boru zajechał uciekający przed gniewem rodziców młody panicz, wraz z piękną Cyganką i garstką wiernej mu służby. Po kilku latach przyjechali tutaj Cyganie i obok dworku panicza, który już się tutaj zagospodarował, rozłożyli obóz. Od momentu ich przybycia, młoda małżonka panicza zmieniła się nie do poznania. Była zdenerwowana, niespokojna, często wymykała się z domu. Małżonek po pewnym okresie postanowił śledzić żonę. Gdy pewnej nocy wymknęła się z domu, on podążył za nią i dotarł za małżonką na leśną polanę. To, co ujrzał, przeszyło jego serce niby strzała. Na zalanej światłem księżyca polanie jego ukochana czule witała się z młodym Cyganem. Rozpacz i duma jego przodków spowodowały, że nie namyślając się długo, wyciągnął rusznicę i do zakochanej pary oddał kilka strzałów. Pierwszy padł Cygan a potem Cyganka. Zakochany panicz jeszcze raz chciał spojrzeć w twarz swej ukochanej. Gdy się nad nią pochylił, zobaczył jej oczy wpatrzone w niego, a z jej ust usłyszał słowa: "przebacz mi, przez te miłość która nas łączyła i na pamięć twoich przodków, nie czyń moim braciom nic złego a ja ci śmierć moja przebaczę. A jeśli tego nie uczynisz, o co cię proszę, przeklnę cię na wieki" - to powiedziawszy umarła.
Po kilku latach panicz zmarł. Na miejscu, gdzie stał jego dworek, powstała maleńka wioska, która została nazwana Warą, od nazwiska pierwszego pierwszego człowieka który się tutaj osiedlił, a nazywał się Warron. Za wsią osiedlili się Cyganie. Góra, na której doszło do tragedii, nazywa się "Boża Męka".
W 1441 roku Wara - podobnie jak większość okolicznych wiosek - była własnością Małgorzaty z Kmitów Mościcowej i wchodziła w skład dóbr dynowskich. W połowie XVI wieku miejscowość była własnością Anny Śreniawiny-Szajnowskiej. W 1522 roku wara przeszła w ręce kasztelana przemyskiego, Stanisława Wapowskiego. Wdowa po jego synu Jędrzeju- Katarzyna z Maciejowskich Wapowska 23 stycznia 1593 roku w wystawionym w Dynowie, w obecności biskupa przemyskiego Goślickiego, dokumencie postanowiła zmienić istniejące w jej dobrach cerkwie na kościoły rzymskokatolickie. Dotyczyło to świątyń w Izdebkach, Hłudnie, Łubnie i Warze. Kościół filialny w Warze należał do parafii w Nozdrzcu. Świątynia ta z biegiem czasu podupadła, gdyż wizyta biskupa Denhoffa z 1700 roku podaje, że nie można w niej nabożeństw kościelnych odprawiać. O całkowitym upadku kościoła w Warze informowała w 1841 roku wizytacja biskupa Zachariasiewicza.
W Warze do obecnych czasów zachowała się drewniana cerkiew greckokatolicka pw. Podwyższenia Krzyża Św., zbudowana w 1889 roku. położona jest na niewielkim wzniesieniu, orientowana, konstrukcji zrebowej, na kamiennym podmurowaniu. W 1946 roku zmieniona została na kościół filialny.
W roku 1981 w Warze rozpoczęto budowę nowego dwupoziomowego kościoła o powierzchni 300 m 2. Poświęcenia kościoła dokonał 16 czerwca 1985 roku ks. biskup Ignacy Tokarczuk, ordynariusz przemyski. W tym samym roku erygowano tutaj parafię pw. Podwyższenia Krzyża Świętego.
W Warze od 1978 roku działa kapela ludowa "Warzanie" - od momentu założenia kierowana przez Juliana Dudę.
